Tokio ya no es una ciudad donde los seres humanos puedan vivir, pues día tras día es ocupada por más monstruos, marcando el inicio de una terrible transformación que convierte a la gran metrópolis en algo completamente siniestro. Asagi, una kunoichi y miembro del Taimanin, el único equipo de defensa contra monstruos capaz de salvar Tokio, es arrestada por Taki, una ninja maligna perteneciente a la facción enemiga que se suponía que Asagi ya había exterminado. Más adelante, la historia involucra a Sakura, una aprendiz del Taimanin.
